San Rafael, se encuentra íntegramente dentro de la zona templada argentina, caracterizadas por un gran dinamismo atmosférico. La temperatura media anual varía entre 8,1º C y 23,1 °C; nivel de precipitación anual de 343 milímetros. El régimen de distribución anual es estival, ya que de setiembre a febrero se registran los mayores aportes pluviométricos estacionales. El clima en San Rafael, ofrece grandes ventajas a las actividades agrícolas. Sus valores térmicos, la intensidad de la luz solar, su reducida nubosidad, sus vientos moderados y de escasa fuerza en gran parte del año, y el bajo porcentaje de humedad relativa, son factores que contribuyen de manera propicia, a la buena marcha de los cultivos y a la obtención de los mayores rendimientos de las especies elegidas.